Misje flot to rozkazy możliwe do wydania startującym flotom w celu określenia co zrobią po dotarciu do celu. W OGame możliwe są następujące misje:

• Transportuj - misja możliwa na każdą skolonizowaną planetę bądź księżyc na pozycjach 1-15. Flota dostarcza surowce i powraca do punktu którego wystartowała.
• Stacjonuj - misja możliwa na każdy księżyc bądź planetę należącą do właściciela floty. Flota dociera do celu i pozostaje na jego orbicie. W przypadku zawrócenia nie jest widoczna na falandze czujników.
• Napadaj - misja możliwa na każdy księżyc lub planetę należącą do gracza innego niż właściciel floty. Flota po dotarciu do celu wywołuje bitwę z siłami obrońcy, następnie ocalałe statki powracają do punktu startu, w przypadku zwycięstwa transportując zagrabione surowce.
• Szpieguj - misja możliwa na każdy księżyc lub planetę należącą do gracza innego niż właściciel floty, dostępna tylko dla flot w skład których wchodzą sondy szpiegowskie. Po dotarciu do celu flota przesyła raport szpiegowski i powraca do punktu startu.
• Kolonizuj - misja możliwa na nieskolonizowane miejsca w układach od 1 do 15, dostępna dla flot w skład których wchodzą Statek kolonizacyjny. Po dotarciu do celu: jeżeli miejsce nadal jest puste, kolonizator zostaje zniszczony, powstaje nowa kolonia a reszta floty wraca do startu, jeżeli miejsce jest zajęte lub gracz ma już 9 planet flota powraca do punktu startu
• Ekspedycja - misja możliwa do wykonania na 16 pozycję w układzie, wymagająca zbadania specjalnej technologii. Flota zatrzymuje się na tej pozycji na określony przy wysyłaniu czas, następnie ocalałe statki powracają.
• Zatrzymaj - misja dostępna na planety i księżyce innych graczy w sojuszu lub BuddyLiście z właścicielem floty, popularnie nazywana "podstawką". Flota po dotarciu do celu pozostaje tam przez określony czas, biorąc udział w bitwach jako obrońca celu, następnie ocalałe statki wracają.
• Atak związku - misja związana z ACS
• Niszcz - misja możliwa na księżyc nie należący do właściciela floty, dostępna dla flot zawierających GŚ. Flota po dotarciu na księżyc stacza normalną bitwę z siłami obrońcy, następnie jeżeli pozostanie choć jedna Gwiazda próbuje ona zniszczyć księżyc.
• Zbieraj - misja dostępna dla flot zawierających Recyklery, możliwa na Pole zniszczeń. Po dotarciu zostaje policzona całkowita ładowność wszystkich recyklerów i złom zostaje zebrany.